Millan, originario de Culiacán Sinaloa, México, nació en 1969, hijo de Felipe Millan Guillen y Maria Teresa Favela de Millan. Millan acentúa en su abuelo, como el hombre que más influyó en él en convertirse en entrenador de perros. En su libro, Millan declara que en cada perro que ve, el espíritu de su abuelo está presente.
Millan pasó la mayor parte de su infancia en la granja de su abuelo en Ixpalino, cerca de Culiacán. El trabajo de su abuelo era cuidar a docenas de vacas, transportándolas hasta el agua y por los pastizales a diario. Vivían en una casa pequeña hecha de ladrillo y arcilla, con sólo cuatro cuartos y sin agua potable, pero Millan dice que él nunca llegó a sentirse pobre, al contrario, consideró la granja como un paraíso. Cesar se fascinó con todos los animales desde edad temprana, pero se enfocó y pasó la mayor parte del tiempo observando el comportamiento de las "manadas" (como el los llama, por su traducción del inglés) de perros de granja y cómo trabajaban los mismos dentro de ella, así como ayudando a su abuelo a reunir a las vacas, o protegiendo a los miembros de la familia de animales agresivos. César apunta que esos perros nunca necesitaron entrenamiento o comandos especiales, o ser premiados con galletas; ellos sólo hacían el trabajo de acuerdo a las necesidades en su estado natural. Cita que aquellos perros de granja fueron realmente sus maestros en el arte y ciencia de la psicología canina.
Millan se dio cuenta también, que el comportamiento de las "manadas" cambia en diferentes granjas. En algunas "manadas" los perros pueden pelear de vez en cuando por llegar a ser el líder del grupo y su predominio, mientras el dueño simplemente los observa. Sin embargo los perros de la granja de su abuelo nunca discutieron el mando de esta manera, su abuelo siempre se mantenía tranquilo, asertivo, naturalmente asumiendo el papel de líder de la "manada". Esto es uno de los principales principios de la filosofía de Millan hoy.
Se trasladó a vivir junto con su familia a Mazatlán a la edad de 6 años, la segunda ciudad más grande del estado de Sinaloa en el pacífico mexicano cruzando la costa de Baja California. Su padre, (otra gran influencia en la vida de César), decidió mandar a sus hijos a una mejor escuela. Vivieron en un departamento pequeño de clase trabajadora de la ciudad, donde el padre de César trabajaba repartiendo periódicos. De acuerdo a César, la peor experiencia que ha tenido, fue vivir no teniendo animales. Trataron de llevar perros y gallinas a vivir al departamento con ellos, pero fue algo que simplemente no se pudo hacer. Fue en la ciudad donde César vio al primer perro de raza pura, un Setter Irlandés que pertenecía a un doctor de la localidad. Fue como si le hubieran golpeado, quedó impresionado por la belleza del perro, y cómo el cuidado de su pelo era muy diferente al de los perros comunes que él tenía en la granja. En palabras de él, ese fue el motivo por el que emigró aEstados Unidos. Dos años más tarde, después de que en repetidas ocasiones le pidiera al doctor uno de los cachorros del Setter; este se lo dio, al cuál llamó Saluki, manteniéndolo como compañía por los siguientes diez años.
La niñez de César en la ciudad fue muy normal. Practicaba deportes con sus compañeros de vecindario, pero se perdió de la vida que llevaba en la granja, así que, para combatir la tensión de la ciudad, su familia lo inscribió en clases de judo. César se superó ganando seis campeonatos en la categoría de 14 años. Su maestro de judo le enseñó técnicas de meditación. Después, su papá encontró un mejor trabajo como fotógrafo de gobierno, pudiendo así, trasladar a su familia a una parte mucho más agradable de la ciudad, a una cuadra de la playa.
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